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Les archives concernent diverses activités agronomes de Joseph E. Opsomer au travers de quatre institutions.
Tout d'abord le ministère des Colonies, où il est engagé comme agronome de 1re classe. Il y effectue plusieurs missions d'études ; un dossier d'archives concernant le stage à la Section pour l'amélioration des plantes annuelles de Buitenzorg (effectuée en 1930 et 1931) subsiste.
Ensuite, l'Institut agronomique de l'Université catholique de Louvain. Il s'agit principalement de son activité de secrétaire académique (de 1953 à 1961) et de président (1961 à 1964). Mais également de la direction du Laboratoire de Phytologie tropicale (1953 à 1970). De son activité d'enseignement, aucun cours ne nous est parvenu ; toutefois, la collection des Cours de l'Université catholique de Louvain (CO 002-CII) contient quelques cours issus d'autres donateurs.
Puis de sa fonction de secrétaire des Centres agronomiques de l'Université de Louvain au Congo (1939 à 1961). C'est à ce titre qu'il conserve les registres de procès-verbaux du conseil d'administration et de l'assemblée générale de la CADULAC ou encore nombres de rapports d'activités.
Finalement, lorsqu'en 1947, les écoles médicale (fondées par la FOMULAC), agronomique (fondée par la CADULAC) et administrative fusionnent pour former le Centre universitaire congolais Lovanium (plus tard Université Lovanium), Joseph E. Opsomer siège au conseil d'administration de 1949 à 1962. Dès lors on retrouve dans ses archives une importante liasse de procès-verbaux du conseil d'administration, mais également plusieurs dossiers en lien avec la section agronomique.