Le fonds a été constitué au début du 20e siècle par Léon van der Essen, dans le cadre de sont travail d'historien d'Alexandre Farnèse (1545-1592), neveu de Philippe II et Gouverneur général des Pays-Bas espagnols. Il est constitué en grande partie de copies de documents des archives farnésiennes qui étaient conservées aux Archives de Naples. Or bon nombres des originaux ont brûlés pendant la seconde guerre mondiale lorsqu'un incendie dévasta une grande partie des Cartes Farnesianes (le 30 septembre 1943), détruisant nombre de recueils intéressant l’histoire des anciens Pays-Bas. Les originaux détruits, les copies prises par Léon van der Essen devinrent d’une grande importance et attirèrent l’intérêt de divers historiens.